O Centro de Formação da Associação de Professores Ensinar é Investigar foi criado em Julho de 1996 tendo como órgãos uma Comissão Pedagógica e um Director do Centro, e como objectivos específicos:
a) Contribuir para a promoção de acções de formação de professores nas áreas consideradas chave pelo Ensinar é Investigar;
b) Criar condições e estimular a divulgação de experiências pedagógicas no âmbito do Ensinar é Investigar enquanto movimento pedagógico;
c) Promover a participação activa das escolas e de outras entidades pertencentes à comunidade escolar e científica na discussão, aprofundamento e implementação de novos métodos de ensino que se mostrem adequados aos pressupostos pedagógicos do Ensinar é Investigar.

O Centro de Formação teve como Directora a Dra. Filomena Matos, como Consultora a Dra. Isabel Lopes da Silva e o apoio jurídico da Dra. Cristina Bento. Integraram a Comissão Pedagógica a Dra. Glória Ramalho, a Dra. Margarida Morais, a Dra. Maria João Gallino e a Dra. Maria Amélia Serrador.
Contou com uma equipa de formadores que frequentaram Cursos de Formação de Formadores e com um conjunto de Acções de Formação acreditadas pelo Conselho Científico-Pedagógico da Formação Contínua destinadas a professores do 1º Ciclo do Ensino Básico e Educadores de Infância.
Estabeleceu protocolos com vários Centros de Formação de Associações de Escolas e de Associações de Professores e com algumas instituições ligadas ao ensino, como por exemplo – Direcção-Geral da Educação, Associação para o Desenvolvimento de Projectos e Estudos em Avaliação (Universidade do Minho), Escola Superior de Educação do Porto, Escola Superior de Educação de Setúbal, Escola Superior de Educação de Portalegre, Escola Superior de Educação Jean Piaget, Sindicato de Professores da Madeira, …
Colaborou com o Departamento de Educação e Juventude da Câmara Municipal de Lisboa no Programa Educalis - Apoio a Projectos Educativos, e com o Ministério da Ciência e Tecnologia no projecto “Mais Cientistas de Palmo e Meio” integrado no Programa Ciência Viva.

Embora a Associação continuasse a acompanhar os professores nos moldes desenvolvidos durante o Projecto Ensinar é Investigar, foi também necessário adaptar a metodologia de trabalho à formação acreditada para que os professores pudessem beneficiar da atribuição dos créditos necessários à progressão na carreira. Nesse sentido, foram criadas e acreditadas algumas Acções de Formação, quer na modalidade de Círculo de Estudos, quer na de Oficina de Formação:

CÍRCULOS DE ESTUDOS
- Ensinar é Investigar: Uma Pedagogia Orientada para a Diversidade
- A investigação-acção e a construção de saberes sobre práticas pedagógicas
- Aprendizagem da Língua Materna

OFICINAS DE FORMAÇÃO
- Situações Problemáticas
- Situações Problemáticas no Desenvolvimento do Sentido do Número
- Ensinar é Investigar: Resolução de Problemas na Construção de Valores
- Conceito de Número. Estruturação do Sistema de Numeração
- Medidas e Grandezas - Números Decimais
- Estudo do Meio - As Competências Matemáticas
- O Ensino da Língua Materna - linhas orientadoras para a prática pedagógica
- A Leitura como Processo de Construção de Saber
- Repensar a Escrita